Filmový režisér a producent, herec divadla Sklep se narodil na Silvestra roku 1959 v Praze. Pochází z herecké rodiny - herectví se věnuje jeho otec Ladislav i mladší bratr Ivan. Vystudoval gymnázium s vyznamenáním v roce 1979. Studoval na Pedagogické fakultě, kde ukončil osm semestrů v oboru matematika - chemie. Odešel, protože ho škola nebavila.
Od počátku osmdesátých let pravidelně účinkuje s kultovním pražským divadlem Sklep. Kolegové z divadla ho vedle divadla inspirovali i k zájmu o film. Dva roky pracoval ve Filmovém Studiu Barrandov jako rekvizitář, připravoval se na přijímací zkoušky na FAMU v Praze, kam byl přijat na obor Filmová a televizní režie v roce 1985.
Na FAMU natočil své první krátkometrážní filmy, z nichž zejména televizní cvičení TÝDEN NA OBRAZOVCE a půlhodinový film SEDM vyvolaly nemalou odezvu na festivalech a mezi diváky. V porevolučním roce 1990 přerušil Trojan studium na FAMU v pátém ročníku, aby natočil svůj celovečerní debut podle scénáře spolužáků Petra Jarchovského a Jana Hřebejka PĚJME PÍSEŇ DOHOLA (poprvé se v tomto filmu objevila před kamerou Aňa Geislerová). V roce 1991 Trojan odpromoval na FAMU.
V roce 1992 natočil pro Českou televizi dvoudílný film PENZIÓNEK, který mapuje nejlepší skeče a písně Divadla Sklep na přelomu 80. a 90. let. V témže roce založil s kolegy Tomášem Hanákem a Jiřím Burdou Filmovou a televizní společnost Total HelpArt T.H.A., která se zaměřuje na produkci celovečerních filmů, výrobu audiovizuálních děl a na manažerskou činnost pro Divadlo Sklep. O rok později režíroval již v produkci Total HelpArtu divácky velice úspěšnou adaptaci "sklepovsko-havlovského" dramatu MLÝNY.
Total HelpArt T.H.A. v současnosti patří k nejúspěšnějším producentským společnostem vůbec. Spolupracovala na mnoha filmech Jana Hřebejka (např. PELÍŠKY, PUPENDO, HOREM PÁDEM, MEDVÍDEK, KRÁSKA V NESNÁZÍCH, U MĚ DOBRÝ ...), a může se tedy pochlubit nominací na Oscara za nejlepší zahraniční film (MUSÍME SI POMÁHAT) a několika Českými lvy. Na prestižní cenu americké Akademie bylo nominováno i výpravné historické drama ŽELARY, které Ondřej Trojan natočil podle knižních předloh Květy Legátové Želary a Jozova Hanule. Tímto filmem Trojan dokázal, že je nejen schopný producent, který dovede vycítit silnou látku, ale i velice zručný režisér. S velkým diváckým úspěchem se setkal i jeho snímek OBČANSKÝ PRŮKAZ, hořká komedie o tom, jací jsme byli v sedmdesátých letech minulého století. Jako producent a režijní supervizor se podílel i na rodinných LICHOŽROUTECH, nejúspěšnějším českém animovaném filmu posledních let. Velký divácký zájem i ohlas zaznamenává každoročně také letní filmový a hudební festival SLAVONICE FEST, který Ondřej Trojan založil v roce 2014 v produkci T.H.A. ve Slavonicích. V roce 2018 měl premiéru jeho poslední film, historické drama Toman a na jaře a na podzim 2019 natáčí podle scénáře Petra Jarchovského hudební komedii Bourák.
PENZIÓNEK (1992)
VELBLOUDI JDOU NOCÍ TAJŮPLNOU (1993)
HISTORKY OD KRBU (cyklus osmi filmových povídek, režie Ondřej Trojan, Tomáš Vorel, Zdeněk Tyc, Václav Koubek…, 1994, 1995)
SKLEP: MLÝNY (1994)
PUMELICE LESNÍ MOUDROSTI (1997)
MULTIKÁR MOVIE SHOW (1998)
WARTBURG MOVIE SHOW (1999)
DIVADLO SKLEP: BÖHMEN UND MÄHREN (2016)
NA STOJÁKA (režie Zdeněk Tyc, 2004 - 2011)
TOTÁLNÍ VELBLOUD KRYŠTOFA TROBÁČKA (umělecký dokument o životě a díle pražského výtvarníka, režie O. Trojan, 1992)
PRAŽSKÁ 5 Z VÍDNĚ DO AKROPOLE (dokument o divadelním, výtvarném a hudebním společenství Pražská 5, režie Petr Nikolajev, 1995)
DRUHÝ ŽIVOT JITKY K. (2017, režie Vojtěch Kopecký)
AFOŇKA UŽ NECHCE PÁST SOBY (režie Martin Ryšavý, 2004)
ZAPOMENUTÉ TRANSPORTY (režie Lukáš Přibyl, 2007)
CESTA SNU PETRA KOUKALA (režie Vladimír Barák, 2012)
PĚJME PÍSEŇ DOHOLA (1990)
ŽELARY (2003)
OBČANSKÝ PRŮKAZ (2010)
TOMAN (2018)
BOURÁK (2019 realizace)
PELÍŠKY (režie Jan Hřebejk, 1998)
MUSÍME SI POMÁHAT (režie Jan Hřebejk, 2000)
CESTA Z MĚSTA (režie Tomáš Vorel, 2000)
KRUTÉ RADOSTI (režie Juraj Nvota, 2002)
PUPENDO (režie Jan Hřebejk, 2003)
ŽELARY (režie Ondřej Trojan, 2003)
HOREM PÁDEM (režie Jan Hřebejk, 2004)
KRÁSKA V NESNÁZÍCH (režie Jan Hřebejk, 2006)
MEDVÍDEK (režie Jan Hřebejk, 2007)
U MĚ DOBRÝ (režie Jan Hřebejk, 2008)
EL PASO (režie Zdeňek Tyc, 2009)
OBČANSKÝ PRŮKAZ (režie Ondřej Trojan, 2010)
JAKO NIKDY (režie Zdeňek Tyc, 2013)
SMRTELNÉ HISTORKY (režie Jan Bubeníček, 2015)
LICHOŽROUTI (režie Galina Miklínová, režijní supervize Ondřej Trojan, 2016)
TOMAN (režie Ondřej Trojan, 2018)
BOURÁK (2019 realizace)
SKLEP: MLÝNY (režie Ondřej Trojan, 1994) (TV)
PUMELICE LESNÍ MOUDROSTI (režie Ondřej Trojan, 1997) (TV)
MULTICAR MOVIE SHOW (režie Ondřej Trojan, 1998) (TV)
WARTBURG MOVIE SHOW (režie Ondřej Trojan, 1999) (TV)
CESTA Z MĚSTA (režie Tomáš Vorel, 2000)
SPRÁVCE STATKU (režie Martin Duba, 2003)
SKŘÍTEK (režie Tomáš Vorel, 2005)
GYMPL (režie Tomáš Vorel, 2007)
LICHOŽROUTI ( režie Galina Miklínová, 2016)
BOURÁK (režie Ondřej Trojan, 2020)